इन सारे फायदों के लिए मेथी दाने को भिगोकर पानी पीने की सलाह दी जाती है। मेथी का पानी या मेथी वाटर घरेलू उपचार के तौर पर काफी सारे लोग यूज करते हैं। लेकिन जरूरी नहीं ये मेथी वाटर हर किसी के लिए फायदेमंद हो। कुछ मेडिकल कंडीशन और समस्याओं में मेथी दाने का पानी पीना हार्मफुल हो सकता है और इसके कुछ साइड इफेक्ट भी हो सकते हैं। जान लें किन लोगों को भी भूलकर भी मेथी दाने का पानी नहीं पीना चाहिए।

मेथी का इस्तेमाल ब्लड शुगर को लो करने के लिए किया जाता है। जिन लोगों का ब्लड शुगर हाई रहता है अक्सर उन्हें मेथी वाटर पीने की सलाह मिलती है। जिससे कि इंसुलिन सेंसेटिविटी खत्म हो और कार्बोहाइड्रेट का अब्जॉर्ब्शन आसान हो जाए। लेकिन जिन लोगों का ब्लड शुगर पहले से ही लो रहता है या जो लोग डायबिटीज की दवा ले रहे हैं और उससे ब्लड शुगर लो रहता है तो उन्हें मेथी वाटर पीना रिस्की हो सकता है। इसकी वजह से बेहोशी, चक्कर और कमजोरी महसूस हो सकती है। ऐसा लो ग्लूकोज लेवल के कारण होता है।

मेथी में ऐसे कंपाउंड होते हैं तो लेबर के दर्द को बढ़ाते हैं। ऐसे में प्रेग्नेंसी के शुरुआती महीनों में या बीच के महीनों में मेथी वाटर से प्रेग्नेंसी को खतरा रहता है। अगर प्रेग्नेंसी के समय में मेथी वाटर की मात्रा ज्यादा ली गई तो इससे प्रीमेच्योर लेबर का खतरा रहता है या फिर मिसकैरेज का भी डर बना रहता है। कई बार प्रेग्नेंट वुमन को मेथी वाटर की वजह से ब्लोटिंग या उल्टी की शिकायत भी हो जाती है।

कुछ स्टडीज में पता चला है कि मेथी वाटर थायराइड हार्मोन प्रोडक्शन और फंक्शन को डिस्टर्ब करते हैं। मेथी दाने में मौजूद गोइट्रोजेनिक कंपाउंड आयोडीन अब्जॉर्ब्शन को प्रभावित करता है। जो थायराइड के लिए सही नही है। जिन लोगों को हाइपोथायराइड यानी कि थाइराइड के कम एक्टिव होने की समस्या है उन्हें मेथी वाटर का इनटेक कम करना चाहिए।