मुफ्ती ने अगस्त 2019 में अनुच्छेद 370 और अनुच्छेद 35ए को निष्प्रभावी करके जम्मू-कश्मीर का विशेष दर्जा समाप्त किए जाने के विरोध में श्रीनगर स्थित पीडीपी कार्यालय के बाहर पार्टी नेताओं और कार्यकर्ताओं के साथ धरना दिया। धरने के दौरान पूर्व मुख्यमंत्री राष्ट्रध्वज और पूर्ववर्ती जम्मू-कश्मीर राज्य का झंडा थामे हुए थीं।

हालांकि, अधिकारियों के अनुसार राष्ट्रध्वज गलती से उल्टा पकड़ा गया था। अधिकारियों ने बताया कि अब पीडीपी प्रमुख के खिलाफ कानूनी कार्रवाई करने पर विचार किया जा रहा है। राष्ट्रध्वज को गलत तरीके से प्रदर्शित करना भारत की ध्वज संहिता का उल्लंघन माना जाता है।

नियमों के अनुसार, राष्ट्रध्वज में सबसे ऊपर हमेशा केसरिया रंग, बीच में सफेद रंग और सबसे नीचे हरा रंग होना चाहिए। सफेद रंग पर 24 तीलियों वाला गहरे नीले रंग का अशोक चक्र होना अनिवार्य है।