'गोवा इन्क्विझिशन (धर्मच्छळ)' हा केवळ भावनिक वा राजकीय वादाचा विषय नसून अधिकृत कागदपत्रे, प्रत्यक्षदर्शींची साक्ष आणि युरोपीय, तसेच भारतीय अभ्यासक यांनी नोंदवलेले ऐतिहासिक वास्तव आहे.

त्यामुळे 'इन्क्विझिशनचे पुरावे नाहीत', हे ऐतिहासिक नोंदींशी विसंगत ठरते.

गोव्यात पोर्तुगीज सत्तेच्या विस्तारानंतर धार्मिक एकसूत्रीकरणाला चालना देण्यासाठी इन्क्विझिशनची यंत्रणा उभारण्यात आली आणि वर्ष १५६० पासून ती अधिकृत स्वरूपात कार्यरत झाली. या यंत्रणेचा परिणाम केवळ नवधर्मांतरित ख्रिस्त्यांपुरता मर्यादित नव्हता, तर स्थानिक हिंदु समाजाचे धार्मिक आचार-विचार, सामाजिक जीवन आणि मालमत्ता यांवरही झाला.

उपलब्ध ऐतिहासिक नोंदींनुसार इन्क्विझिशनच्या आरंभीच्या काळात हिंदु धार्मिक प्रथा, सार्वजनिक विधी आणि परंपरागत सणांवर निर्बंध घालण्यात आले होते. तुळशीपूजा, उघडपणे होणारे हिंदु विधी आणि देवळांशी संबंधित परंपरा यांवर बंदी घालणार्‍या आदेशांचा उल्लेख अनेक अभ्यासकांनी केला आहे, ज्यामुळे हा केवळ तोंडी दावा रहात नाही.

फ्रेंच वैद्य चार्ल्स डेलन यांनी गोवा इन्क्विझिशनचा प्रत्यक्ष अनुभव घेतल्यानंतर 'Relation de l'Inquisition de Goa', हे पुस्तक लिहिले. या पुस्तकात तुरुंगातील वातावरण, चौकशीची पद्धत आणि छळाच्या भीषण स्वरूपाचे वर्णन असल्यामुळे ते प्रत्यक्षदर्शी स्वरूपाचा महत्त्वाचा ऐतिहासिक पुरावा मानले जाते.

फ्रान्सिस झेवियर याने १६ मे १५४६ या दिवशी पोर्तुगालचा राजा जॉन तिसरा याला लिहिलेल्या पत्रात गोव्यात इन्क्विझिशनसदृश कठोर धार्मिक नियंत्रणाची आवश्यकता व्यक्त केली होती. त्यामुळे गोव्यातील इन्क्विझिशन ही अचानक घडलेली घटना नसून तिच्या मागे मिशनरी आणि राजसत्तेचा विचारपूर्वक पाठिंबा होता, असे दिसून येते.

अनेक अभ्यासकांच्या मते धर्म न सोडणार्‍यांवर आर्थिक आणि सामाजिक दबाव टाकण्यासाठी मालमत्ता जप्ती, वारसा हक्कांवरील अडथळे अन् समुदाय पातळीवरील दडपशाही अशा उपायांचा वापर करण्यात आला. 'कम्युनिदाद' आणि इतर स्थानिक नोंदींचा संदर्भ देत काही लेखकांनी अशा हस्तांतरणांचे उल्लेख केले आहेत, तरी प्रत्येक प्रकरणासाठी स्वतंत्र अभिलेखीय पडताळणी आवश्यक असते.