மலையத்வஜ பாண்டியன் மகனுக்கு பிறவியிலேயே விரல்கள் சரியாக வளராமல் இருந்தன. கொடுமுடி நாதரிடம் வேண்டி மூன்று கோபுரங்களையும் மண்டபங்களையும் கட்டி, பல திருப்பணிகள் செய்தார் மன்னர். பாண்டிய மன்னரால் திருப்பணி செய்யப்பட்டதால் இத்தலம் பாண்டிக் கொடி முடி ஆனது. ராகு, கேது தோஷம் நீங்கி திருமணத்தடையையும் இத்தல இறைவன் நீக்குகிறார்.

மும்மூர்த்திகளான பிரம்மா, விஷ்ணு, சிவன் ஆகியோ கோயில் கொண்டுள்ள தலம் இது. இங்கு மலையின் முடியே சிவலிங்கமாகக் காட்சி அளிப்பதால் 'கொடுமுடி' எனப் பெயர் பெற்றது. இத்தலத்தில் எழுந்தருளியுள்ள சிவபெருமான் சுயம்பு லிங்கமாவார்.

அருள்மிகு மகுடேஸ்வரரின் திருக்கல்யாணத்தைக் காண்பதற்காக பிரம்மனும் திருமாலும் இத்தலத்துக்கு வந்ததாக வரலாறு கூறுகிறது. ஒரு சமயம் ஆதிசேஷனுக்கும், வாயு பகவானுக்கும் தங்களில் யார் பெரியவர் என்ற போட்டி எழுந்தது. இருவரும் தங்கள் பலத்தை நிரூபிக்க மலையை கையாண்டனர். ஆதிசேஷன் மலையை சுற்றி வளைத்துக்கொள்ள, வாயு பகவான் ஆதிசேஷனை விடுவிக்க முயற்சி செய்தார். இதனால் மேருமலை துண்டுகளாக வெடித்துச் சிதறியது. அவை ஒவ்வொன்றும் சிவலிங்கங்களாக மாறின. அப்படி உருவானதுதான் மகுடேஸ்வரர் திருக்கோயில் என்று சொல்லப்படுகிறது.

பிரம்மன் இந்தத் தலத்திற்கு வந்து வழிபட்டதால், 'பிரம்ம ரிஷி' என்றும், திருமால் பூஜித்தால், 'அரிகரபுரம்' என்றும், கருடன் இத்தலத்தை பூஜித்ததால், 'அமுதசுரபி' என்றும் பல பெயர்கள் இத்தலத்துக்கு உண்டு. .வடக்கிலிருந்து தெற்காக ஓடி வரும் காவிரி நதி, இங்கு கிழக்கு நோக்கி திரும்பி ஓடுகிறது. இந்த ஆற்றில் பக்தர்கள் நீராடிய பின் கோயிலுக்குச் செல்கிறார்கள். வேப்ப மரமும் அரச மரமும் இணைந்துள்ள மரத்தடியில் விநாயகப்பெருமான் வீற்றிருக்கிறார். இவருக்கு காவிரியில் இருந்து தண்ணீர் கொண்டு வந்து அபிஷேகம் செய்ய, திருமண வரமும், குழந்தை பாக்கியமும் கிடைக்கும்.

கிழக்கு நோக்கியுள்ள இக்கோயில் 640 அடி நீளமும், 484 அடி அகலமும் உடையதாக விளங்குகிறது. மும்மூர்த்திகளுக்கும் தனித்தனி கோபுரங்களும், தனித்தனி சன்னிதிகளும் உள்ளன. இக்கோயிலுக்கு மூன்று வாயில்கள் உள்ளன. இக்கோயில் சிவலிங்கம் சதுர வடிவில் உள்ளது. அதன் மீது விரல் தடயங்களைக் காணலாம். அகத்தியர் இங்கு வந்து பூஜை செய்தபோது ஏற்பட்ட தடயங்கள் இவை என்பது ஐதீகம். மூலவர் சன்னிதியில் நர்த்தன விநாயகர், தட்சிணாமூர்த்தி, விஷ்ணு, பிரம்மா, துர்கை ஆகியோரை தரிசிக்கலாம். சுவாமி சன்னிதிக்கு வலப்புறம் அம்பாள் சன்னிதி அமைந்துள்ளது.

இத்தலத்தில் உள்ள வன்னி மரம் இரண்டாயிரம் ஆண்டுகள் பழைமையானது. பிரம்மாவின் கோயிலுக்கு வடமேற்கில் வீரநாராயண பெருமாள் மற்றும் கோயிலுக்கு வெளியே திருமங்கை நாச்சியார், அனுமான் சன்னிதிகள் உள்ளன. இக்கோயில் தீர்த்தங்களாக தேவ தீர்த்தம், பரத்வாஜ தீர்த்தம் ஆகியவை உள்ளன. இந்தத் தீர்த்தங்களில் நீராடினால் பிணிகள்,பில்லி, சூன்யம் போன்றவை நீங்கும். ஆதிசேஷனால் உருவான தலம் என்பதால் இத்தல இறைவனை வழிபட நாக தோஷம் தீரும். அதோடு, ராகு கேதுவால் பாதிக்கப்பட்டவர்கள் இத்தலத்துக்கு வந்து வழிபட தோஷங்கள் நீங்கும் என்பது பக்தர்களின் நம்பிக்கை.