இந்தத் தலம் சர்வ மத வழிபாட்டுத் தலமாகப் போற்றப்படுகிறது. இக்கோயிலுக்கு நயினார் கோயில் என்று பெயர் வரக் காரணமான ஒரு சுவாரஸ்யமான கதை கூறப்படுகிறது.

முஸ்லிம் சாம்ராஜ்ய காலத்தில் முல்லா சாகிப் என்பவர் வடக்கே இருந்தார். அவரது மகளுக்கு பேச்சு வரவில்லை. ஆதலால், தெற்கில் உள்ள ராமேஸ்வரம் சென்று ராமநாதரை வணங்கினால் பிரச்னை தீரும் என சிலர் சொல்லவே, இத்தலம் வந்தார். அங்கு வந்து ராமநாத சுவாமியை வணங்கும்போது பட்டர் மூலமாக ஒரு அருள்வாக்கு கூறப்பட்டது. 'உனது மகளை மருத மரம் நிறைந்த மருதூர் காட்டுக்குள் அழைததுச் சென்று அங்குள்ள வாசுகி தீர்த்தத்தில் நீராட வைத்து அங்கு அருள்பாலிக்கும் இறைவனை தரிசனம் செய்தால் உனது மகளுக்கு பேச்சு வரும். மற்றும் அவளைப் பற்றியிருக்கும் சரும வினையும் அகலும்' என்று கூறப்பட்டது.

அங்கிருந்து முல்லா சாகிப் தனது மகளை கூட்டிக்கொண்டு மருத மரங்கள் நிறைந்த வனத்தின் வழியே வந்து இங்குள்ள வாசுகி தீர்த்தத்தில் நீராடினார். அப்போது அந்தப் பெண் 'நயினார்' எனக் கத்தினாள். நயினார் என்றால் தலைவர், இறைவன் என்று அர்த்தம் சொல்லப்படுகிறது. அப்பொழுது முதல் அவளுக்கு பேச்சு வந்துவிட்டது. அவ்வூர் நாகநாதர் அருளாலேயே அவளுக்கு பேச்சு வந்ததாக முல்லா சாகிப் முழுமையாக நம்பி அந்த இறைவனை வணங்கிச் சென்றார். அன்று முதல் அது நயினார் கோயில் என்று வழங்கப்படலாயிற்று.

இங்குள்ள சௌந்தர்ய நாயகி அம்மன் சன்னிதியில் கர்ப்பிணிகள் எண்ணெய் பெற்று, சுகப்பிரசவமாக வயிற்றில் அதைத் தடவிக் கொள்கிறார்கள். இந்தக் கோயிலில் ராகு, கேது, நாகதோஷம் உள்ளவர்கள் வணங்கினால் திருமணத்தடை, தொழில் தடை நீங்கும் என்பது நம்பிக்கை. இங்குள்ள புற்றடியில் நாகம் வசிப்பதாக சொல்லப்படுகிறது. இந்த புற்று மண்ணைப் பூசிக் கொண்டால் தீராத நோயும் தீரும் என்பது ஐதீகம்.

சௌந்தர்ய நாயகி அம்பாள் முகப்பொலிவைத் தருபவள். முகத்தில் அதிகமாக பரு இருப்பவர்கள் அம்பாளுக்கு அடுப்புக்கரியை வைக்கோலில் சுற்றி காணிக்கையாக செலுத்துகிறார்கள். இவ்வாறு செய்வதன் மூலம் பரு மற்றும் சரும நோய்கள் தீரும் எனும் தீராத நம்பிக்கை உள்ளது. அம்பிகை சன்னிதிக்குள் ஒரு நீர்நிலை இருந்தது. தற்போது அது மூடப்பட்டுள்ளது. அந்த நீர்நிலையில் தண்ணீர் எப்போதும் வற்றாமல் ஒரே நிலையில் இருந்ததாகவும், அந்த புனித நீரை பருகி நோய் தீர்ந்தவர்கள் அக்காலத்தில் இருந்தனர் என்கிறார்கள். இங்குள்ள வாசுகி தீர்த்தம் புனிதமானது. இதில் நீராடினால் சகல விதமான தோஷமும் நீங்கி செல்வ வளம் பெறுவர் என்று கூறப்படுகிறது.

நயினார் கோயிலில் உள்ள நாகநாதர் துலாக்கோல் போன்று நீதி வழங்குபவர் என்பதால் இவர் முன்னால் பொய் பேச மக்கள் பயப்படுகின்றனர். பெண்களை ஏமாற்றுதல், கடன் வாங்கி திருப்பித் தராமல் இருத்தல், குடும்பப் பிரச்னைகள் போன்றவற்றை நாகநாதர் முன்னிலையில் பேசித் தீர்க்கின்றனர். இவர் முன் பொய் சொன்னால் நாகம் வந்து மிரட்டும் என்பதால் சரியான தகவலைக் கொடுக்கின்றனர்.

விவசாயிகள் விளைபொருட்களை முதலில் இங்கு காணிக்கையாகக் கொடுத்த பிறகு பயன்படுத்த ஆரம்பிக்கின்றனர். ராமநாதபுரம் சமஸ்தானத்திற்கு உட்பட்ட கோயில் இது. முகத்தில் பரு இருந்தால் அம்பாளுக்கு அடுப்புக்கரியை வைக்கோலில் சுற்றி காணிக்கையாக செலுத்தியவர்களின் பிரார்த்தனை நிறைவேறியதும் சேவல் காணிக்கை செலுத்தியும், வெள்ளியால் ஆன பொருட்களை காணிக்கையாகச் செலுத்தியும் பக்தர்கள் நேர்த்திக்கடன் செய்கின்றனர்.